Existe una guerra ancestral, el premio de dicha guerra es el Santo Grial, esta joya es capaz de conceder cualquier deseo a la persona que la obtenga, sin importar cual sea. Para decidir quien es el más apto para ganar este privilegio, es el mismo grial quien elige a siete Masters y a cada uno le otorga un Servant.

Los Servants son  héroes ancestrales, materializados gracias a los poderes del Grial. En total son siete, pertenecientes a siete razas (Saber, Archer, Lancer, Berserker, Assassin, Caster y Rider). Una vez reunidos todos los Masters con sus Servants, deben luchar entre si, hasta que solo quede uno capaz de tomar el Santo Grial.
Con estos pilares sosteniendo la historia, tenemos a nuestro protagonista Shirou Emiya, sobreviviente de un terrible incendio, fue adoptado por un poderoso hechicero. Shirou es una persona que siempre quiere ayudar a todo el que lo necesita, y a causa de eso, queda envuelto en una batalla entre Masters y es asesinado por Lancer, para su suerte, su compañera de clases, Rin Tohsaka, lo revive utilizando un hechizo. Ya en su casa, es nuevamente atacado por Lancer  y justo antes de morir, de manera milagrosa convoca a Saber, el último y más poderoso de los Servants. Debido a que Shirou es un mago inexperto, no puede materializar a Saber por completo. Ahora Shirou esta envuelto en la guerra, y no tiene otra opción mas que pelear. Pero debido a su naturaleza, Shirou se rehúsa a hacerles daño a las personas, a pesar de que sean enemigos; de la misma forma, intenta proteger a Saber aun a costa de su propia vida. Como Master, posee los tres Reijus, unos sellos sagrados que al ofrecerlos, puede obligar a su Servant a hacer cualquier cosa, aun a costa de su voluntad. Shirou formula una tregua con su compañera de clases Rin, para poder defenderse mutuamente de los demás Masters.